1. Моро теряет память в районе первых глав СМ.
На Паломнике что-то замкнуло, и бортмех Морита попал под разряд. Здоровью бортмеха это особо не повредило, а вот микросхемы в мозгу малость закоротило, в результате чего Моро совершенно забыл всё, что… ну, скажем, было после того, как в него пальнули из огнемета. То есть, сам инцидент он помнит, как его волокли к хирургической ванне, помнит, дальше – провал. Теперь представьте себе шок и ужас Лесана, когда он обнаруживает себя на каком-то имперском корабле через 17 лет после того, как он потерял сознание. С частью, Лесан всё еще синоби, потому головы не теряет. Конечно, потерю памяти скрыть невозможно, но ему хватает сообразительности понять, что выдавать своё происхождение пока не стоит. Всмотревшись в Бет, Моро осознает, что девушка – вылитая копия Лорел Шнайдер. Разумеется, это нехилая зацепка, но Лесану совершенно непонятно, что бы всё это могло значить (он ведь не успел еще сойтись с Лорел и даже предположений строить не может). Ах да, в довершение всего, на Моро еще и кос какой-то прыгает (чего ему надо?!). Добавим к этому скорбь по Экхарту Бону, который по субъективным ощущениям Лесана погиб не много лет, а всего несколько месяцев тому назад, и просыпающийся интерес к Дику (хотя Моро слишком занят поиском ответов на бесчисленные вопросы, чтобы отдаться новому увлечению). Самая жесть – если при этом Моро еще и забыл самое главное – координаты Картаго. Лишиться дома вдобавок ко всему остальному...
Предполагаю, что можно написать закрученную историю, в центре которой - Лесан, ведущий одновременно игру на несколько фронтов (главным образом, против Суны, который подозревает, но есть еще Констанс и экипаж) и параллельно определить, как и зачем он мог оказаться в это этом месте в это время. Смешно вышло бы, если бы Моро после гибели команды честно помог Дику вывести корабль к Санта-Кларе, и вспомнил обо всем аккурат, когда они заходили на посадку. Но тут разные версии возможны.

2. Кроссовер с Чужими (Alien: Isolation оставила сильное впечатление, да).
Паломник ловит сигнал бедствия, как выяснилось, с корабля шэдайин. Корабль явно терпит бедствие, но объяснить, в чем дело, то ли некому, то ли нет возможности (помехи и т.д.). Команда Паломника решает разобраться, в чем дело, на месте (то есть высадившись на гибнущее судно). Думаю, дальше и так понятно.
В моем личном сценарии всё это происходит уже после гибели основного экипажа Паломника, и акцент сделан на злоключениях Моро, который с какого-то момента бегает с зародышем чужого под сердцем, а потом попадает в логово Матки. Но это так, один из многочисленных вариантов развития событий.

3. Моро делают клона женского пола. Как изменилась бы его тактика в розысках и отлове Бет (и на Паломнике, если дошло до Паломника), и как это сказалось на развитии событий в целом.